E-Rechnung: Ab 2026 droht die Systemprüfung

Die Schonfrist für digitale Buchführung endet 2026. Finanzämter prüfen verstärkt lückenlose Prozesse und interne Kontrollsysteme, um Steuernachzahlungen zu vermeiden.

Die digitale Buchführung wird 2026 zum Prüfstein für deutsche Unternehmen. Nach dem ersten Jahr der Pflicht zur Annahme elektronischer Rechnungen rücken nun die internen Kontrollsysteme (IKS) in den Fokus der Finanzämter. Wer hier nicht nachweisen kann, dass seine Prozesse lückenlos sind, riskiert hohe Steuernachzahlungen.

Die neue Realität der digitalen Compliance

Seit dem 1. Januar 2025 müssen Unternehmen in Deutschland strukturierte elektronische Rechnungen im B2B-Verkehr annehmen. Das war der erste Schritt. Jetzt, mit Blick auf 2026, vollzieht sich ein subtiler, aber folgenschwerer Wandel: Die Finanzverwaltung wechselt von der Implementierungs- in die Verifikationsphase.

Ein aktueller Compliance-Report von Steuerexperten warnt: Die bloße Fähigkeit, eine E-Rechnung zu empfangen, reicht nicht mehr aus. Entscheidend ist die lückenlose Integrität der gesamten automatisierten Verarbeitungskette. Diese verschärfte Auslegung wird durch eine entscheidende Neuerung im Steuerrecht untermauert.

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Die GoBD-Novelle: Der Treiber im Hintergrund

Am 14. Juli 2025 hat das Bundesministerium der Finanzen (BMF) die Grundsätze zur ordnungsmäßigen Führung und Aufbewahrung von Büchern, Aufzeichnungen und Unterlagen in elektronischer Form (GoBD) präzisiert. Die Kernaussage: Bei strukturierten E-Rechnungen ist der digitale Datensatz – also die XML-Datei – das rechtlich verbindliche Dokument, nicht die beigefügte PDF-Ansicht.

Diese Unterscheidung hat weitreichende Konsequenzen. Sie macht traditionelle, manuelle Kontrollmechanismen obsolet. Statt einzelner Belege prüfen die Finanzämter zunehmend die Software-Systeme und Workflows selbst – die sogenannte Systemprüfung. Ein dokumentiertes und funktionierendes IKS wird damit zur zentralen Verteidigungslinie jedes Unternehmens.

„Der Irrglaube ist, dass die E-Rechnung nur ein Dateiformatwechsel ist“, erklärt ein führender Digitalisierungsberater. „In Wirklichkeit ist es ein Prozesswechsel. Die IKS-Pflicht ist kein neuer Gesetzesparagraf, sondern die logische Konsequenz der Digitalisierung von Steuerdaten.“

Warum 2026 das entscheidende „IKS-Jahr“ wird

Für das laufende Jahr 2025 zeigten sich viele Prüfer noch kulant, um den Übergang zu erleichtern. Diese Schonfrist läuft aus. Branchenkenner der Bundessteuerberaterkammer rechnen für 2026 mit einer Rückkehr zur strengen Auslegung der GoBD.

Die Risiken bei Nichtbeachtung sind konkret: Kann ein Prüfer die Ordnungsmäßigkeit der digitalen Buchführung wegen mangelnder interner Kontrollen nicht anerkennen, darf er die Besteuerungsgrundlage schätzen – meist zum Nachteil des Steuerpflichtigen. Ein funktionierendes IKS ist zudem das Rückgrat eines jeden Tax Compliance Management Systems (Tax CMS), das vor Vorwürfen der Steuerhinterziehung schützen soll.

Zu den zentralen Anforderungen, die aktuell betont werden, zählen:
* Eine detaillierte Verfahrensdokumentation, die den Weg der Rechnung von Empfang bis Archivierung lückenlos abbildet.
* Wirksame Zugriffskontrollen auf die Buchhaltungssysteme.
* Automatisierte Integritätsprüfungen, die sicherstellen, dass die XML-Daten mit den menschenlesbaren Belegen übereinstimmen.

Der Countdown für Papierrechnungen läuft ab

Der Handlungsdruck wird durch die auslaufenden Übergangsfristen des Wachstumschancengesetzes zusätzlich verstärkt. 2026 ist das letzte Jahr, in dem Unternehmen noch in nennenswertem Umfang Papierrechnungen ausstellen dürfen.

• Bis 31. Dezember 2026: Papierrechnungen sind für Umsätze aus 2025 und 2026 noch erlaubt.
• Ab 1. Januar 2027: Die Pflicht zur Ausstellung von E-Rechnungen greift für Unternehmen mit einem Vorjahresumsatz von über 800.000 Euro.
• Ab 1. Januar 2028: Dann sind elektronische Rechnungen im B2B-Verkehr generell verpflichtend, unabhängig von der Umsatzgrenze.

Damit wird 2026 zum finalen Probejahr. Unternehmen, die ihr IKS bis dahin nicht implementiert haben, riskieren ein systematisches Versagen, wenn die Flut an Pflicht-E-Rechnungen 2027 voll einsetzt.

Ausblick: Der Weg zur Echtzeit-Berichterstattung

Die aktuelle Entwicklung ist nur ein Schritt auf einem längeren Weg. Am Horizont steht bereits die EU-Initiative „VAT in the Digital Age“ (ViDA), die eine digitale Echtzeit-Berichterstattung für grenzüberschreitende Transaktionen anstrebt. Das deutsche System ist darauf ausgelegt, mit diesem europäischen Standard kompatibel zu sein.

Die Botschaft an deutsche Finanzvorstände und Steuerabteilungen ist jedoch eindeutig: Die Schonfrist endet. Ab Januar 2026 wird die Existenz eines dokumentierten, funktionierenden internen Kontrollsystems wahrscheinlich der erste Punkt auf der Checkliste eines Betriebsprüfers sein.

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