Die Geschäftsaktivitäten teilen sich auf in die Segmente Agrar, Bau und Energie. Weitere Konzerngesellschaften befassen sich mit Konsumgüterproduktion und Autohandel. Der Konzern hat inclusive Franchise/Partnerfirmen rund 2 625 Vertriebsstandorte in 8 europäischen Ländern. Die Hauptvertriebsgebiete liegen in Deutschland, Österreich und Osteuropa.
 
Den größten Umsatzanteil erzielt der Konzern mit der Land- und Ernährungswirtschaft. Die Sparte Agrar handelt mit landwirtschaftlichen Betriebsmitteln, erfasst und vermarktet pflanzliche Erzeugnisse vom Feld bis zur Ernährungsindustrie. Im Agrarsektor ist die BayWa einer der größten Vollsortimenter Europas und handelt mit einigen Produkten auch weltweit. Die Sparte Technik vertreibt Maschinen und Geräte, Gebäude und Einrichtungen. Den Service garantiert sie mit einem dichten Netz von Werkstätten.
 
Knapp ein Drittel des Konzernumsatzes entfällt auf den Geschäftsbereich Bau. Im Baustoffhandel ist der BayWa-Konzern die Nr. 2 in Deutschland und führend in Österreich. Bau & Gartenmärkte betreibt der Konzern überwiegend in Regionen mit geringer Wettbewerbsdichte. Im Baustoffhandel und mit Bau & Gartenmärkten ist die BayWa zudem ein bedeutender Franchisegeber. Die Haustechnik bietet Dienstleistungen auf regionaler Ebene im Bereich Heizungsbau und Sanitär.
 
Der Geschäftsbereich Energie ist das dritte große Geschäftssegment. Hauptvertriebsgebiete sind Bayern und Österreich. Im Vordergrund steht der Absatz von Heizöl, Diesel und Schmierstoffen. Unter dem Dach des Konzerns wird eine Vielzahl von Tankstellen betrieben: 286 in Deutschland unter dem Namen BayWa und AVIA. In Österreich sind weitere rund 500 GENOL-Tankstellen über die RWA dem Konzern angeschlossen. Bei umweltfreundlichen Schmierstoffen auf Pflanzenbasis und Bio-Diesel ist die BayWa Marktführer.
 
Unter Sonstige Aktivitäten sind Gesellschaften mit Lebensmittelproduktion, Autohäuser und Finanzbeteiligungen zusammengefasst.